St. Thomas School was een droomonderneming voor een jonge Keralite die zich vestigde in een Noord-Indiase industriestad Bahadurgarh. Gedragen door de beperkingen van het werken onder management en verscheurd tussen het bieden van kansen aan de bevoorrechte in plaats van de verdienstelijke, besloot meneer N. Thomaskutty, de oudste zoon van leraren die trots waren op hun beroep, een school te beginnen op basis van zijn christelijke idealen. Hoewel de beslissing om met STS te beginnen een impulsieve reactie leek, bleek na verloop van tijd dat Gods wil aan het werk was.
De school begon heel bescheiden op 6 april 1995 in het huis van prof. D.B. Malik.